Hovedafdelingen er den øverste foreningsmæssige lag af IF. Alliancen. Hovedafdelingen består af sportsafdelingernes formænd, en formand, en sekretær og en kassere.

Hovedafdelingens opgaver er blandt andet:

• Regnskab for hele IFA i samarbejde med afdelingernes kasserer.
• Overordnet foreningsadministrative opgaver i relation til kommune, politi og sportslige paraplyorganisationer.